এই মন্দিরের ইতিহাস খুবই জাগ্রত। তাই শিবরাত্রি সহ প্রতিদিন এই মন্দিরে বহু ভক্তের সমাগম ঘটে। সবুজে ঘেরা গভীর জঙ্গল । মাঝে ছোট্ট কাঁচা পথ । সেই আকাঁবাকা পথ ধরে গভীর জঙ্গলের ভিতরে পূজিত হন মা বনদুর্গা । শত শত মানুষের সমাগম ঘটে এই পুজোকে ঘিরে । পুজোর পাশাপাশি বসে মেলাও । শিলিগুড়ি শহর লাগোয়া ডাবগ্রাম-ফুলবাড়ি বিধানসভার অন্তর্গত বৈকণ্ঠপুর অভয়ারণ্যের গভীর জঙ্গলের মধ্যে এই বনদুর্গার মন্দির ৷ এই পুজোর আয়োজন বয়ে নিয়ে আসছে কয়েক দশকের ইতিহাস ৷ মূলত, উত্তরবঙ্গের জলপাইগুড়ি জেলার মানুষের সঙ্গে ভবানী পাঠক ও দেবী চৌধুরানি এই নাম দু’টোর ইতিহাস ওতপ্রোতভাবে জড়িয়ে আছে । তেমনই রয়েছে সাহিত্য সম্রাট বঙ্কিমচন্দ্র চট্টোপাধ্যায়ের উপন্যাসে উল্লেখিত দিল্লিভিটা চাঁদের খাল জায়গাটি ।
সকলের কাছে অপরিচিত হলেও বনদুর্গার মন্দির হিসেবে উত্তরবঙ্গের মানুষের কাছে ভালোই পরিচিত । কথিত আছে, এখনকার বনদুর্গা মন্দির সেই সময় ডাকাত সর্দার ভবানী পাঠক ও তাঁর শিষ্যা দেবী চৌধুরানির গোপন আস্তানা ছিল । ইতিহাসে থেকে জানা যায়, দেবী চৌধুরানি নাকি নৌকা করে করতোয়া নদী হয়ে সেখানে আসতেন । এখানে পুজো অর্চনা করতেন । তখন থেকেই এখানে সূচনা হয় পুজোর । প্রথমদিকে অবশ্য ওই এলাকার ঠুনঠুনিয়া গ্রাম নামে পরিচিত ছিল । আর ঠুনঠুনি মা বলে এখানে দেবী পূজিত হতেন । তবে বর্তমানে এই মন্দির বনদুর্গা বলেই সকলের কাছে পরিচিত হয়েছে ।